Struktur organisasi Stasiun Klimatologi Kelas IV D.I. Yogyakarta dipimpin oleh seorang Kepala yang membawahi Kelompok Jabatan Fungsional. Dalam Pasal 18 dijelaskan bahwa Kelompok Jabatan Fungsional mempunyai tugas memberikan pelayanan teknis fungsional dalam pelaksanaan tugas dan fungsi sesuai dengan bidang keahlian dan keterampilan. Dalam pelaksanaan tugas tersebut ditetapkan Koordinator Pelaksana Fungsi Pelayanan Fungsional sesuai dengan ruang lingkup bidang tugas dan fungsi. Kelompok Jabatan Fungsional yang ada di Stasiun Klimatologi Kelas IV D.I. Yogyakarta memiliki Kelompok Data dan Informasi, Kelompok Observasi, Kelompok Teknisi, dan kelompok Tata Usaha. Koordinator Pelaksana Fungsi Pelayanan Fungsional mempunyai tugas mengkoordinasikan dan mengelola kegiatan pelayanan teknis fungsional sesuai dengan bidang tugas masing-masing.